三本長卷雖然是同名繪畫，但是在時空上發生了不小的變化。“宋本”所畫的時間段是學術界通常認為的清明節，空間是汴河兩岸從近郊到開封城內的世俗生活，“宋本”中的人物大多是圍繞著清明節這一天的祭掃、聚會、商貿等活動展開的，沒有鮮明的喜慶色彩。“明本”和“清院本”在時間上淡化了清明節這個感傷的日子，上墳祭祀等活動不再出現，場景氣氛相當歡樂，甚至在卷首就出現了嫁娶這樣不可能在清明節出現的喜慶之事，畫中所繪不是一個特定的節日，而是集中概括了許多佳節的喜慶內容。余輝認為，明代中后期出現的這種變異，主要是欣賞者們追求享樂的審美需求，這種需求被商業化放大后，最終導致了“宋本”《清明上河圖》的主題發生了重要變化。清代乾隆朝欲求表現其樂融融的官民生活和繁華的商貿活動，而且更具規模化，昭顯太平盛世之象。在“清院本”中，清明時節悲切的內容和場景，更是蕩然無存。至此，《清明上河圖》這一特殊的民俗畫卷完成了由表現清明節轉變為渲染喜慶佳節的過程。
宋本是以畫諫言 繁榮背后隱藏暗線
在對“宋本”即張擇端的《清明上河圖》進行了長時間認真研究后，余輝自信地認為，此畫卷并非只是簡單的描繪百姓風俗和日常生活，在商業繁榮的表面之下暗藏玄機，明線下交織著一條令人心悸的暗線。
從文獻中可知，汴京是十二世紀初世界最大的城市之一，人口達137萬，8廂120坊，絕大多數建筑都是磚木結構。北宋經歷了40多次特大火災，因此消防是當時朝野最關注的嚴峻問題。當時汴京的防火措施非常嚴密，每個坊都設有一座望火樓，專門觀測火警。樓下有被稱為“潛火兵”的軍隊駐守，專司消防。余輝說，張擇端畫了望火樓，但樓上無一人觀望，更夸張的是，望火樓下的兩排兵營被改作了飯館。
而比消防缺失更可怕的是城防的渙散。畫中，城墻上下沒有一個守衛，土墻上面也沒有任何城防工事，連射箭的城垛也沒有，甚至連虛設的城防都沒有。原本應該是有重兵把守的城防機構所在的位置，居然是一家商鋪，老板正在驗貨，賬房在記賬。從畫面上看，整個汴京正沉浸在濃厚的商貿氣氛中，完全是一座不設防的都城。“這不是張擇端的有意設計，而是真實地反映了宋徽宗朝初期已日漸衰敗的軍事實力和日趨淡漠的防范意識。”余輝說。
畫卷中有很多船，其中大量的是運糧的私家船。表面看來這是一種商貿興隆的景象，實則反映出當時政府的一項重要失誤：宋徽宗將大量運糧的官船用去運送花石綱，使得糧食運送出現問題。私船趁機而入，并漸漸把持住了城市的糧食市場，進而操控糧食價格。
類似的例子還有不少，畫家在圖中隱藏著對現實社會中一些隱患的憂慮：他將船與橋的矛盾和橋上文武官員的矛盾交織為全卷的視覺中心，通過表現驚馬鬧市、船橋險情、官員爭道、軍力懈怠、城防渙散、消防缺失、商貿侵街、黨禍瀆文、酒患成災等諸多場景，深刻揭示出當時的社會痼疾。余輝認為：“這些本不是賞心悅目的繪畫內容，張擇端卻精心描繪，成為其作品深處豐富的潛臺詞。”
在扎實的研究基礎上，余輝提出了一個新的觀點：張擇端欲通過《清明上河圖》向宋徽宗展現一些社會頑疾。他解釋，由于宋太宗采取鼓勵文人諫言的政治措施，關注社會現實和朝廷政治成為宋代畫家較為普遍的創作趨向。北宋官吏利用繪畫向皇帝表述民情的手法不止一例，如熙寧七年（公元1074年）是北宋的大災之年，光州司法參軍鄭俠借工匠繪制的《流民圖》請求宋神宗停止王安石的變法活動。遺憾的是，宋徽宗僅是對該圖的繪畫技法表示肯定，卻對其思想內涵沒有興趣，于是只在卷首題簽后就將其賞賜出去了。