把軍事、政治中心放在北京，北方的問題解決了。可是發生了另外一個問題：南方發生了事情怎么辦？于是就把南京改為陪都。陪都也和首都一樣，除了沒有皇帝之外，其他各種組織機構，北京有一套，南京也有一套。北京有六部，南京也六部。因為南京沒有皇帝，便派一個皇帝親信的人做守備。當時的大學叫國子監，國子監也有兩個：一個叫“北監”，一個叫“南監”。北監在北京，就在孔廟的旁邊。北監、南監都刻了很多書，叫北監本和南監本。當然，陪都和首都也有區別，首都的六部(吏、戶、禮、兵、刑、工，六部的部長叫尚書，副部長叫侍郎)有實權，而陪都的六部沒有實權。所有的事情都集中在首部辦。南京的這些官清閑得很，沒有什么事情可做。這些人大都是些政治上不得志的人，在北京站不住腳，有的年紀大了，做不了什么事，就要他到南京去做一個閑官，有飯吃，有地位，可是沒有什么事情可做。我們研究這個時代的歷史要了解這一點。那么，他在南方搞一套機構的目的是什么呢？第一，以南京為中心來保護運河交通線；第二，以南京為中心，加強對南方人民的統治。南方各個地區發生了人民的反抗斗爭，就可以就近處理、鎮壓。
明成祖遷都北京，這不但是抵抗蒙古族南下的一個最重要的措施，同時也為北京附近地區生產的發展、文化水平的提高，都市的繁榮創造了有利的條件。有了這個基礎，清朝入關后才能繼續建都北京。我們在全國解放之后，才有條件繼續建都北京。這是一個歷史發展的過程。我們國家建都北京，是經過了慎重、周密的考慮的。當時在討論這個問題時，也有人提出不同的意見，他們認為北京是一個學術中心，首都最好建在別的地方，不要建在北京。北京一建都，就成為政治中心了。這些人認為政治是很不干凈的東西，所以反對建都北京。甚至在我們建都北京之后，還有不同的論調。一些人認為舊北京城不能適應我們今天的政治要求，因此應該在復興門外建一個新北京。把舊北京甩開。他們舉了很多條理由。但是我們有一條：北京在一九四九年有一百幾十萬人口，你要把國家的中央機關放在復興門外，孤孤單單地和人民脫離了，這在政治上是錯誤的。過去十幾年以來，不斷有這樣的爭論。現在事實證明：第一，今天建都北京是正確的；第二，在北京的舊基礎上來擴建新北京也是正確的。中央機關——無產階級的最高政權機關脫離人民行不行呢？當然不行，那是原則性的錯誤。當然還有其他方面的爭論，今天不能多講了。這是從明成祖遷都北京，順便講到我們今天的北京。（《明朝大歷史》）