１４日晚１２時是臺灣當局針對漁船遭攻擊事件，對菲律賓政府發出限期７２小時通牒截止之時。馬尼拉經貿文化辦事處在臺北的負責人當晚進入臺灣當局有關主管部門，經閉門討論多個小時后，于１５日凌晨與該部門負責人共同舉行記者會。
臺灣當局有關主管部門負責人表示，經過對此次對方所帶信件的反復討論、修訂，菲律賓已針對“廣大興２８號”漁船事件表達深切的遺憾及道歉，對我們提出的四項要求也大部分作出正面回應，但小部分仍要進一步確認、了解，特別是在賠償等方面還要“補強”。
他介紹說，菲律賓政府將指派有關人士１５日抵達臺北，１６日下午前往小琉球探望遇難船員家屬，將轉達菲律賓人民對遇難船員洪石成家屬及臺灣人民的深切遺憾及道歉，并致送撫慰金，然后再考慮下一步的賠償；承諾與臺灣有關部門共同調查事件，臺灣的調查小組將于１６日前往菲律賓。
他表示，臺灣當局希望菲律賓政府要立即作出賠償安排，保證不再發生類似事件。他還說，臺灣會持續加強相關海域的護漁，目前的護漁行動將持續進行。
馬尼拉經貿文化辦事處在臺北的負責人介紹了菲律賓政府對漁船事件的處理過程，但對賠償安排等并未松口。
臺灣當局領導人馬英九１１日晚召開高層會議，決定針對菲律賓公務船掃射臺灣漁船事件，向菲律賓政府提出正式道歉、賠償損失、徹查事實嚴懲兇手等四項要求，并從５月１２日零時起限期７２個小時要求菲律賓政府正面回應，否則將采取凍結菲律賓勞工到臺工作申請等三項制裁措施。
９日上午，屏東縣琉球籍“廣大興２８號”漁船在鵝鑾鼻東南方海域，遭一艘菲律賓公務船開槍掃射，造成船員洪石成身亡。在該船全速往東北方向逃離時，菲律賓公務船仍緊追不舍約１小時后才離開。這一事件引發海峽兩岸高度關注，島內各界群情激憤。