高校財務常出問題，也是一把手或者分管領導說一不二所致。“國內不少高校一直號稱要建設世界一流大學，可是，在國外大學普遍實行年報制度，向公眾公開學校的財務情況時，我國高校的財務情況卻被領導當機密一樣‘嚴把’著。近年來，對于高校財務收支，輿論也一直要求公開透明，但迄今為止，我國沒有一所高校詳細公布自己的收入情況和開支情況。”
高校招生的腐敗問題，也是如此。“5%自主招生、藝術特長生招生、體育特長生招生、1%的機動名額、120%的投檔比例，這些被認為是高校招生中最容易出事的地方。為何出事？就是因為領導們可以動用手中的權力，決定將這些機會給誰還是不給誰。”
“說到底，高校的腐敗，主要在于學校沒有民主管理制度，權力包括行政權和學術權過分集中于校領導。要嚴把目前高校腐敗高發的幾個關口，推進高校民主管理才是根本。而這，就要求建立現代大學制度。”熊丙奇說。
熊丙奇認為，在現代大學制度中，辦學權、教育權和受教育權有明晰的權責界限。高校自主辦學、學術自治、教授治校、學生自治，領導的權力將局限為行政權，有關重大工程建設的決策，將由學校理事會或董事會作出，學校行政領導只負責執行；有關財務管理，將由學校理事會或董事會進行預算，將有獨立的校外審計機構進行審計，將向師生進行年度報告；有關招生的決策，將由負責教育事務的教授制訂評價標準并執行評價，學校領導如果動用手中權力謀求私利，或可招致嚴重的信任危機，并可被理事會或董事會罷免。
“在這樣的制度下，教育腐敗或許還會發生，但是決然不會高發。而且，一旦發生，腐敗者也難潛水過關，他們將為腐敗付出沉重的代價，他們的教育與學術生命也將由此中止。”熊丙奇說。